Сергей Ястребов проработал губернатором Ярославской области с 2012 по 2016 год. Он запомнился как мягкий политик, почти всегда попадающий на дно рейтинга глав регионов. Несмотря на это, при нем улучшилось экономическое состояние области. Регион перестал быть дотационным: бюджет зарабатывал больше, чем тратил.
При Ястребове отменили прямые выборы мэров Ярославля и Рыбинска, но позже губернатор всё же вернул прямые выборы главы Рыбинска.
На период его работы пришелся коррупционный скандал с тогдашним мэром Ярославля Евгением Урлашовым, которого отправили на 12,5 года в колонию по двум эпизодам: взятка и покушение на нее. Начались уголовные дела в отношении руководителей крупных дорожных компаний, получавших подряды у города и области. А в поселке Борисоглебский Ярославской области в реку рухнул мост, про который Ястребов говорил, что он прослужит не одному поколению. Его, кстати, до сих пор не починили.
Самого Ястребова подозревали в коррупционном сговоре со столичной фармацевтической компанией «Р-Фарм», в центральном офисе которой работала его старшая дочь. Некоторым казалось подозрительным, что «Р-Фарм» получает самые крупные договоры на поставку лекарств в Ярославскую область.
Сергей Ястребов единственный из губернаторов региона ушел в отставку по причине утраты доверия. После нее он устроился в Министерство природных ресурсов и экологии — сразу заместителем министра. Примечательно, что с новой должностью Ястребова его доходы выросли несущественно, а вот его жена заметно обогатилась.